Film “The Flash” membawa kita kembali ke kehidupan Barry Allen setelah membantu Batman dan Wonder Woman di Gotham City. Namun, kali ini, fokus utama bukan lagi pada kejahatan kota, melainkan pergulatan batin Barry dengan masa lalunya. Bayang-bayang kematian ibunya, Nora, dan hukuman penjara yang tidak adil untuk ayahnya, Henry, terus menghantuinya. Pada malam tragis kematian Nora, sebuah kejadian sepele—permintaan Nora agar Henry membeli makanan kaleng—ternyata menjadi titik balik yang mengubah segalanya. Diliputi emosi dan rasa bersalah, Barry secara tak sengaja memanfaatkan Speed Force untuk membentuk Chronobowl, sebuah portal waktu, dengan tujuan kembali ke masa lalu.
Meskipun Bruce Wayne/Batman telah memperingatkannya tentang bahaya tak terduga dari perjalanan waktu, Barry nekat. Ia kembali ke hari kematian Nora dan menempatkan kaleng makanan tersebut di keranjang belanja ibunya, berharap mencegah Henry meninggalkan rumah dan mengubah takdir tragis itu. Namun, sekembalinya ke masa kini, Barry terlempar keluar dari Chronobowl oleh seorang speedster misterius. Ia mendapati dirinya terdampar di tahun 2013 alternatif, sebuah realitas di mana Nora masih hidup. Di tengah kebingungan dan kebahagiaan yang bercampur aduk, Barry bertemu dengan kedua orang tuanya dan versi dirinya yang lebih muda. Ia menyadari bahwa ini adalah hari di mana ia pertama kali mendapatkan kekuatan supernya.
Demi memastikan versi muda dirinya tetap mendapatkan kekuatan, kedua Barry bekerja sama. Mereka kembali ke Central City Police Department dan mencoba mereplikasi kejadian petir yang dulu mengubah hidup Barry. Namun, alih-alih hanya Barry muda yang tersambar petir, keduanya justru terkena. Akibatnya, Barry dewasa kehilangan kekuatannya, sementara Barry muda kini memiliki kekuatan super. Di tengah kekacauan ini, ancaman baru muncul: Jenderal Zod bersiap untuk menginvasi Bumi. Untuk menghadapi Zod, kedua Barry berusaha mengumpulkan Justice League, namun di timeline ini, usaha mereka gagal total. Diana/Wonder Woman tidak dapat ditemukan, Victor Stone/Cyborg belum memiliki kekuatannya, dan Arthur Curry/Aquaman bahkan tidak pernah ada. Putus asa, mereka mencari bantuan Bruce Wayne, namun yang mereka temukan hanyalah versi Batman yang sudah pensiun dan jauh berbeda. Bruce versi alternatif ini menjelaskan teori bahwa perubahan kecil di masa lalu dapat mempengaruhi peristiwa sebelum dan sesudah perubahan itu terjadi. Akhirnya, mereka berhasil meyakinkan Bruce untuk kembali menjadi Batman dan membantu mencari Kal-El/Superman.
Pencarian membawa mereka ke sebuah kapsul Kryptonian di Siberia. Namun, alih-alih Superman, mereka menemukan sepupunya, Kara Zor-El/Supergirl, yang dipenjara di fasilitas tersebut. Setelah menyelamatkan Kara, mereka kembali ke Wayne Manor. Barry meminta bantuan Bruce untuk mendapatkan kembali kekuatannya. Dua percobaan pertama gagal, hingga akhirnya Kara membawa Barry terbang ke badai, di mana ia berhasil memulihkan kekuatannya. Bersama Batman, Kara dan kedua Barry bersiap menghadapi Zod dan pasukannya. Dalam pertempuran sengit, Kara mengetahui bahwa Zod telah mencegat kapsul pelarian Kal-El dari Krypton dan membunuhnya untuk mengambil Codex, kunci untuk menghidupkan kembali ras Kryptonian. Zod mengungkapkan bahwa Codex sebenarnya berada dalam diri Kara. Ia kemudian melumpuhkan dan membunuh Kara untuk mengambil Codex dari darahnya. Sementara itu, Batman mengorbankan dirinya dalam upaya heroik namun sia-sia untuk menghancurkan kapal Zod.
Barry terus menerus melakukan perjalanan waktu untuk mencoba menyelamatkan Batman dan Kara, namun setiap usahanya berakhir dengan kegagalan. Barry menyadari bahwa rangkaian peristiwa ini tidak dapat diubah. Namun, Barry muda dari tahun 2013 menolak untuk menyerah. Saat Barry muda terus melakukan perjalanan waktu, multiverse mulai berantakan. Speedster misterius yang pertama kali melemparkan Barry keluar dari Speed Force kembali dan terungkap sebagai versi masa depan dari Barry muda tahun 2013. Ia percaya bahwa ia masih bisa mengalahkan Zod dan menyelamatkan Bumi-nya. Ia marah ketika Barry dewasa mengungkapkan niatnya untuk mengembalikan timeline dan merelakan kematian Nora. Future Flash menyerang Barry dewasa, namun justru mengenai Barry muda, yang mengorbankan dirinya untuk menyelamatkan Barry dewasa dan menghapus versi masa depannya dari timeline. Akhirnya, Barry dewasa mengembalikan timeline ke keadaan semula dan menerima kematian ibunya. Meskipun demikian, ia membuat sedikit perubahan kecil di masa lalu dengan memindahkan kaleng makanan ke rak yang lebih tinggi. Kembali ke masa kini, Barry menghadiri sidang pengadilan Henry. Rekaman keamanan kini menunjukkan Henry melihat ke atas untuk mengambil kaleng makanan tersebut, yang membuktikan bahwa ia tidak bersalah. Barry kemudian dihubungi oleh Bruce Wayne, yang penampilannya kembali berubah karena perubahan timeline tersebut, menyiratkan bahwa konsekuensi perjalanan waktu selalu hadir, bahkan dalam perubahan yang tampaknya kecil.
