Film The Beekeeper menghadirkan sebuah kisah balas dendam yang brutal namun sarat motivasi. Di sebuah daerah pedesaan Massachusetts, hiduplah seorang mantan guru sekolah bernama Eloise Parker. Ia memiliki hubungan persahabatan yang hangat dengan Adam Clay, seorang peternak lebah yang tenang dan bekerja di lumbungnya. Kedamaian hidup mereka hancur ketika Eloise menjadi korban penipuan phishing canggih yang menguras habis seluruh tabungan hidupnya, termasuk jutaan dolar dari yayasan amal yang dikelolanya. Terpukul dan putus asa, Eloise pun memilih bunuh diri.
Adam menemukan jasad Eloise, dan ironisnya, ia malah sempat ditahan oleh agen FBI Verona Parker, putri Eloise. Setelah tuduhan terhadapnya dibersihkan, Adam dibebaskan. Namun, rasa keadilan dan balas dendam menggerogoti dirinya. Ia lantas menghubungi sebuah kelompok misterius yang dikenal sebagai “Beekeepers” (Para Peternak Lebah) untuk mendapatkan informasi guna melacak para pelaku penipuan tersebut. Pencarian membawanya pada sebuah pusat panggilan penipuan (call center) di dekat Springfield yang dijalankan oleh seorang pria bernama Mickey Garnett.
Adam Clay, yang ternyata memiliki masa lalu yang kelam, menyerbu pusat panggilan itu. Ia dengan mudah mengatasi anak buah Mickey dan membakar hangus tempat tersebut. Bos Mickey, Derek Danforth, memerintahkan Mickey untuk membereskan Adam. Namun, upaya itu gagal total. Adam justru membalas dengan kejam, menghabisi anak buah Mickey di lumbung dan bahkan melukai Mickey. Mickey yang terluka berhasil melarikan diri dan menghubungi Derek untuk memberi peringatan tentang Adam. Adam menangkap Mickey, menghabisinya dengan brutal, dan mengambil ponsel Mickey untuk memberikan peringatan langsung kepada Derek bahwa kini ia adalah target berikutnya.
Ancaman dari Adam sampai ke telinga Wallace Westwyld, mantan direktur CIA yang kini menjabat sebagai kepala keamanan di perusahaan teknologi Derek, Danforth Enterprises. Wallace mengenali Adam sebagai mantan anggota Beekeepers, organisasi intelijen manusia klandestin yang sangat elit, bertugas melindungi Amerika Serikat di luar yurisdiksi hukum, dengan budaya organisasi yang terinspirasi oleh lebah pekerja. Wallace segera menghubungi direktur CIA saat ini, Janet Harward, yang lantas mengirim seorang Beekeeper aktif bernama Anisette untuk menghentikan Adam. Anisette mengadang Adam di sebuah pom bensin, tetapi Adam terlalu kuat. Ia berhasil mengalahkan Anisette, membakarnya hidup-hidup, dan meledakkan pom bensin tersebut. Akibat insiden ini, organisasi Beekeepers langsung menyatakan netral dalam konflik Adam.
Sementara itu, Agen FBI Verona Parker dan rekannya, Matt Wiley, mengantisipasi bahwa target Adam selanjutnya adalah Nine Star United Center di Boston, yang mengawasi operasi call center penipuan global milik Derek. Wallace Westwyld mengumpulkan tim operasi rahasia di bawah pimpinan Pettis. Ia memberi penjelasan singkat tentang Beekeepers kepada timnya. Tim Pettis dikerahkan untuk mengamankan Nine Star dan membunuh Adam. Namun, ketegangan dengan tim SWAT FBI di luar gedung dan penolakan manajer Rico Anzalone untuk mengevakuasi staf menciptakan kebingungan yang dimanfaatkan Adam. Adam melumpuhkan tim SWAT, membunuh Pettis dan anak buahnya, serta menginterogasi Anzalone. Verona dan Wiley mengejar Adam, tetapi Adam berhasil melucuti Wiley dan melarikan diri.
Dalam pengejaran, Verona dan Wiley menemukan fakta mengejutkan: Derek adalah putra dari Jessica Danforth, Presiden Amerika Serikat saat ini. Mereka segera memperingatkan wakil direktur FBI Jackson Prigg bahwa Adam mungkin akan mencoba membunuh Presiden demi perbuatan putranya. Wallace mengirim Derek untuk menemani Jessica di rumah pantai mereka yang dijaga oleh tentara bayaran anti-Beekeeper, karena Beekeepers memiliki kode etik yang tidak boleh melukai kerabat dekat Presiden. Namun, Adam berhasil menyusup ke mansion saat ada pesta.
Setelah identitasnya terbongkar, Adam bertarung melewati para tentara bayaran dan tim Counter Assault Secret Service. Di tengah kekacauan, Jessica dan Prigg menghadapi Derek, yang akhirnya mengakui telah menyalahgunakan algoritma CIA yang dicuri Wallace untuk memanipulasi hasil pemilu demi kemenangan ibunya. Ketika Jessica mengancam akan mengungkap kejahatan Derek ke publik, Derek yang marah menembak Prigg dan bersiap mengeksekusi ibunya. Namun, Adam muncul di saat kritis, menembak kepala Derek, dan melarikan diri saat Verona dan Wiley tiba. Verona mengejar Adam dan menodongkan pistol padanya, tetapi pada akhirnya, ia memilih untuk membiarkan Adam pergi. Dengan rasa terima kasih, Adam mengangguk pada Verona sebelum melarikan diri ke pantai, mengenakan perlengkapan selamnya yang tersembunyi, dan menghilang ke dalam laut.
