Film “The Amateur” mengikuti kisah Charlie Heller, seorang ahli kriptografi CIA yang hidupnya jungkir balik setelah tragedi menimpanya. Hidupnya yang tenang dan fokus pada restorasi pesawat Cessna hadiah untuk istrinya, Sarah, berubah drastis saat Sarah meninggal dalam serangan teroris di London.
Charlie, yang bekerja di divisi Dekripsi dan Analisis CIA, memiliki dua kenalan penting: seorang agen lapangan dengan nama kode “The Bear,” dan seorang informan anonim dengan nama kode “Inquiline.” File rahasia dari Inquiline mengungkap bahwa Alex Moore, Direktur Pusat Kegiatan Khusus dan atasan Charlie, menyamarkan serangan pesawat tak berawak bermotif politik sebagai serangan bom bunuh diri. Fakta ini sampai ke Direktur CIA, Samantha O’Brien, yang kemudian menyampaikan berita duka tentang kematian Sarah kepada Charlie.
Dipenuhi kesedihan dan amarah, Charlie melakukan penyelidikan sendiri. Ia menemukan bahwa Sarah menjadi korban dalam transaksi senjata yang gagal. Empat pelaku bertanggung jawab atas tragedi ini: Mishka Blazhic, seorang kriminal Belarusia; Ellish, mantan anggota pasukan khusus Afrika Selatan; Gretchen Frank, mantan perwira intelijen Armenia; dan dalang misterius bernama Horst Schiller, yang secara langsung membunuh Sarah. Charlie bertekad untuk membalas dendam. Ia mengancam akan membocorkan informasi tentang perintah ilegal Moore yang menyebabkan ratusan korban sipil dan sekutu. Sebagai imbalan atas diamnya, Charlie menuntut sumber daya untuk mengejar keempat pembunuh itu.
Charlie dikirim ke Camp Peary untuk menjalani pelatihan di bawah bimbingan Kolonel Robert Henderson. Meskipun mahir dalam membuat bom, Henderson meragukan kemampuan Charlie untuk membunuh. Sementara itu, Moore dan Caleb, anak buahnya, mencari bukti yang memberatkan Charlie. Mereka menemukan CD yang disembunyikan Charlie, tetapi menyadari bahwa ia hanya menggertak. Henderson diperintahkan untuk melenyapkan Charlie, namun Charlie telah menyadap file di kantor Moore dan kabur dari negara itu.
Perburuan dimulai. Charlie melacak Gretchen ke Paris dan menyusup ke apartemennya. Ia menjebak Gretchen di sebuah klinik alergi dalam ruang hipobarik yang diisi serbuk sari. Meskipun berhasil mengorek informasi tentang lokasi Schiller, Charlie tidak tega membiarkan Gretchen mati. Sayangnya, Gretchen tewas tertabrak van saat melarikan diri.
Mengambil ponsel Gretchen, Charlie kabur ke Marseille. Di sana, Henderson berhasil mengejarnya, tetapi Charlie berhasil melarikan diri dengan ledakan. Ia meminta bantuan Inquiline, yang ternyata adalah janda seorang mantan perwira KGB yang dibunuh. Mereka melacak Blazhic ke sebuah hotel mewah di Madrid. Sementara itu, O’Brien menyadari bahwa Moore mengirim Henderson untuk membunuh Charlie dan mengirimkan operasinya sendiri.
Di Madrid, Charlie menjebak Blazhic di kolam renang atap hotel dan membuatnya jatuh hingga tewas. Henderson muncul, namun diserang oleh operasi O’Brien. Dalam perkelahian, Henderson berhasil membunuh operasi O’Brien, tetapi terluka parah. Charlie kembali berhasil kabur. Caleb menyadari bahwa Charlie berkomunikasi dengan seseorang dan melacak Inquiline. Ia mengirim tim penyerang ke Istanbul, yang menewaskan Inquiline saat melarikan diri bersama Charlie.
Charlie melacak Ellish ke Rumania dan menjebaknya dengan bahan peledak rakitan. Ellish mengungkapkan bahwa Schiller beroperasi dari sebuah kapal di Laut Baltik sebelum tewas dalam ledakan. Charlie tiba di Primorsk untuk mengintai operasi Schiller. Di sanalah ia berhadapan dengan “The Bear,” yang mencoba menghentikannya dari balas dendamnya.
Charlie ditangkap dan dibawa ke kapal Schiller. Ia berhadapan langsung dengan pembunuh Sarah. Schiller menawarkan Charlie pistol berisi peluru dan kesempatan untuk membalas dendam. Namun, Charlie mengungkapkan bahwa ia telah meretas kapal dan mengarahkannya ke Teluk Finlandia, di mana Schiller ditangkap oleh polisi Finlandia dan Interpol. Moore dan Caleb ditangkap karena operasi ilegal mereka. Setelah dijenguk oleh Henderson yang sedang memulihkan diri, Charlie menyelesaikan restorasi pesawatnya dan terbang ke angkasa.
