Spider-Man: Into the Spider-Verse adalah sebuah film animasi superhero yang inovatif dari Marvel yang berhasil memukau penonton di seluruh dunia. Film ini bukan hanya sekadar cerita superhero biasa, tetapi sebuah perjalanan lintas dimensi yang memperkenalkan kita pada Miles Morales, seorang remaja biasa dari New York City yang tiba-tiba mendapatkan kekuatan laba-laba dan harus belajar menjadi Spider-Man.
Kisah dimulai dengan Miles yang berusaha menyesuaikan diri dengan ekspektasi ayahnya, seorang polisi bernama Jefferson Davis, yang memiliki pandangan negatif terhadap Spider-Man. Suatu malam, paman Miles, Aaron, mengajaknya ke stasiun kereta bawah tanah yang ditinggalkan untuk melukis grafiti. Di sanalah, Miles digigit oleh laba-laba radioaktif dan mendapatkan kekuatan super seperti Spider-Man.
Ketika Miles kembali ke stasiun tempat ia digigit, ia menemukan sebuah collider yang dibangun oleh Kingpin. Tujuan Kingpin adalah untuk mengakses alam semesta paralel dan membawa kembali istri dan putranya yang telah meninggal. Spider-Man berusaha menghentikan Kingpin, namun dalam pertarungan dengan Green Goblin dan Prowler, sebuah ledakan terjadi. Spider-Man terluka parah dan memberikan Miles sebuah USB drive dengan instruksi untuk mematikan collider, memperingatkan bahwa mesin tersebut dapat menghancurkan kota jika diaktifkan kembali. Tragisnya, Miles menyaksikan Kingpin membunuh Spider-Man dan melarikan diri dalam ketakutan.
Setelah kematian Spider-Man, kota berduka. Miles merasa terpanggil untuk meneruskan warisan sang pahlawan, namun usahanya untuk menjadi Spider-Man justru merusak USB drive tersebut. Di makam Spider-Man, Miles bertemu dengan Peter B. Parker, versi Spider-Man yang lebih tua dan lelah dari dimensi lain.
Peter dan Miles menyusup ke fasilitas penelitian Kingpin untuk mencuri data yang diperlukan untuk membuat USB drive baru. Mereka bertemu dengan ilmuwan kepala, Olivia Octavius, yang mengungkapkan bahwa Peter akan mengalami kerusakan seluler jika terlalu lama berada di dimensi ini. Mereka diselamatkan oleh Gwen Stacy, Spider-Woman dari dimensi lain. Mereka kemudian bertemu dengan Bibi May Parker, yang ternyata menampung Spider-People lain yang juga terseret ke dimensi Miles akibat collider—Spider-Man Noir, Peni Parker, dan Spider-Ham—yang juga mengalami masalah serupa dengan Peter. Miles menawarkan bantuan untuk mengembalikan mereka ke rumah, tetapi mereka meragukan pengalamannya.
Patah semangat, Miles pulang ke rumah pamannya Aaron dan menemukan bahwa pamannya adalah Prowler. Ia melarikan diri ke rumah Bibi May, di mana Peni berhasil menyelesaikan USB drive baru. Namun, Kingpin, Aaron, Octavius, Scorpion, dan Tombstone menyusul mereka. Dalam perkelahian yang terjadi, Miles mengungkapkan identitasnya kepada Aaron. Aaron, yang tidak tega membunuh keponakannya, mencoba melindungi Miles, tetapi Kingpin menembaknya hingga tewas sebagai balasan. Aaron meninggal dalam pelukan Miles. Miles melarikan diri saat ayah Miles, Jefferson, tiba di lokasi dan salah mengira Spider-Man baru sebagai pembunuh saudaranya.
Spider-People berkumpul kembali bersama Miles yang berduka. Peter, tidak ingin Miles terbunuh, mengikat Miles dengan jaringnya dan memutuskan untuk mengorbankan diri dengan tinggal dan menonaktifkan collider. Jefferson tiba di depan pintu kamar asrama Miles dan meminta maaf atas kesalahannya, mengungkapkan kepercayaannya pada Miles. Kata-kata ayahnya menginspirasi Miles. Miles berhasil mengendalikan kekuatannya, melepaskan diri dari ikatan, dan membuat kostum Spider-Man sendiri. Ia bergabung dengan Spider-People lainnya untuk mengalahkan anak buah Kingpin, dan menggunakan USB drive baru untuk mengirim mereka kembali ke dimensi masing-masing.
Kingpin melawan Miles, tetapi Jefferson menyaksikannya. Menyadari bahwa Spider-Man bukanlah ancaman yang ia kira, Jefferson menyemangati Miles, yang kemudian melemparkan Kingpin ke saklar pemutus collider, menghancurkannya. Kota selamat, Kingpin dan anak buahnya ditangkap, dan Jefferson menerima bukti pembunuhan Aaron dan Spider-Man pertama oleh Kingpin. Miles menerima tanggung jawab kehidupan barunya sebagai Spider-Man.
