Film Spider-Man: Homecoming membawa kita kembali ke dunia Marvel Cinematic Universe (MCU) setelah Peter Parker merasakan pengalaman bertempur bersama para Avengers di Captain America: Civil War. Namun, kehidupan Peter kembali ke rutinitasnya sebagai siswa SMA biasa di New York, sembari diam-diam menjalankan tugas sebagai Spider-Man.
Kisah bermula setelah peristiwa масштабной Battle of New York beberapa tahun sebelumnya. Adrian Toomes, seorang pemilik perusahaan konstruksi, merasa dikhianati ketika pekerjaannya membersihkan kota pasca pertempuran tersebut diambil alih oleh pemerintah dan Tony Stark melalui Departemen Pengendalian Kerusakan (Department of Damage Control atau DODC). Merasa dirugikan, Toomes dan krunya memutuskan untuk menyimpan teknologi alien Chitauri yang mereka temukan dan mengubahnya menjadi senjata canggih untuk dijual di pasar gelap. Toomes sendiri menggunakan setelan terbang bernama Vulture untuk mencuri sumber daya dan memperluas bisnis ilegalnya.
Empat tahun berlalu, Peter Parker kembali ke sekolah setelah sempat direkrut oleh Tony Stark untuk membantu dalam konflik internal Avengers di Jerman. Meskipun merasakan manisnya menjadi bagian dari tim pahlawan super, Peter harus kembali menghadapi kenyataan bahwa ia belum dianggap sebagai Avenger penuh oleh Stark. Peter merasa frustasi dan sangat ingin membuktikan dirinya layak. Ia pun semakin bersemangat dalam menjalankan tugas sebagai Spider-Man di lingkungan sekitar rumahnya, terkadang sampai mengorbankan kegiatan sekolah dan ekstrakurikulernya, termasuk tim akademik deksathlon sekolah.
Sahabat karib Peter, Ned, secara tidak sengaja mengetahui identitas rahasia Peter sebagai Spider-Man. Awalnya terkejut, Ned justru menjadi sangat antusias dan membantu Peter dalam petualangan pahlawan supernya, meskipun kadang dengan cara yang kurang terduga.
Suatu hari, Spider-Man berhadapan dengan Jackson Brice alias Shocker dan Herman Schultz, kaki tangan Toomes, yang sedang menjual senjata ilegal kepada Aaron Davis, seorang kriminal kelas teri. Dalam upayanya menghentikan mereka, Spider-Man hampir tertangkap oleh Vulture dan dijatuhkan ke danau. Ia nyaris tenggelam karena parasut di kostumnya malah membuatnya terjerat. Beruntung, Tony Stark yang memantau kostum Spider-Man pemberiannya, datang menyelamatkan Peter dan memberikan peringatan keras agar Peter tidak terlibat lebih jauh dengan para kriminal tersebut. Tanpa sengaja, Toomes membunuh Brice dengan salah satu senjata mereka sendiri, dan Schultz kemudian mengambil alih identitas Shocker.
Peter dan Ned terus menyelidiki senjata yang tertinggal dari Brice. Mereka menemukan perangkat pelacak di senjata tersebut yang membawa mereka ke Maryland. Kebetulan, tim deksathlon sekolah Peter akan pergi ke Washington, D.C. untuk turnamen nasional. Peter memanfaatkan kesempatan ini untuk menyelidiki lebih lanjut. Bersama Ned, Peter berhasil menonaktifkan pelacak dari Stark dan membuka kunci fitur-fitur canggih di kostum Spider-Man.
Di Washington, D.C., Peter mencoba menggagalkan rencana Toomes mencuri senjata dari truk DODC. Namun, ia malah terjebak di dalam truk tersebut dan terpaksa absen dari turnamen deksathlon. Saat terjebak, Peter menyadari bahwa inti tenaga senjata itu adalah granat Chitauri yang tidak stabil. Ia bergegas ke Monumen Washington, tempat granat tersebut aktif dan meledak, menjebak Ned dan teman-teman mereka di dalam lift. Spider-Man berhasil menyelamatkan semua temannya, termasuk Liz, gadis yang ia sukai.
Beberapa hari kemudian di New York, saat berada di kapal feri Staten Island, Spider-Man berhasil menangkap pembeli senjata baru Toomes, Mac Gargan. Namun, Toomes berhasil melarikan diri dan senjata yang rusak menyebabkan feri terbelah dua. Iron Man datang membantu Spider-Man menyelamatkan para penumpang feri, tetapi Stark sangat kecewa dengan kecerobohan Peter dan menyita kostum Spider-Man.
Peter kembali menjalani kehidupan sekolahnya yang biasa dan memberanikan diri mengajak Liz ke pesta dansa homecoming. Pada malam pesta dansa, Peter terkejut mengetahui bahwa Toomes adalah ayah Liz. Toomes, yang telah mengetahui identitas rahasia Peter sebagai Spider-Man, mengancamnya. Peter menyadari bahwa Toomes berencana membajak pesawat DODC yang mengangkut senjata dari Menara Avengers ke markas baru Avengers di Upstate New York.
Peter meninggalkan pesta dansa dan mengenakan kembali kostum Spider-Man buatannya sendiri. Meskipun sempat dihadang oleh Schultz di luar pesta, dengan bantuan Ned dari jauh, Peter berhasil mengalahkannya. Ia bergegas menuju markas Toomes, di mana ia diserang oleh Vulture. Pertarungan sengit terjadi, menyebabkan bangunan markas Toomes runtuh dan Peter terjebak di reruntuhan. Dengan sekuat tenaga, Peter berhasil keluar dari reruntuhan dan mencegat pesawat Toomes, mengarahkannya untuk jatuh di pantai Coney Island.
Pertarungan terakhir antara Spider-Man dan Vulture terjadi di pantai. Pada akhirnya, Spider-Man berhasil mengalahkan Vulture dan menyelamatkan nyawanya ketika setelan Vulture yang rusak meledak. Peter menyerahkan Toomes kepada polisi beserta muatan pesawatnya. Setelah ayahnya ditangkap, Liz pindah dari kota.
Tony Stark menawarkan Peter untuk bergabung dengan Avengers secara penuh, tetapi Peter menolak, merasa lebih baik untuk tetap menjadi “pahlawan lingkungan” saat ini. Stark kemudian melamar Pepper Potts. Stark mengembalikan kostum Spider-Man kepada Peter. Saat Peter mengenakan kostum barunya di kamar, bibinya May masuk dan terkejut melihat Peter berpakaian Spider-Man.
Dalam adegan mid-credits, Mac Gargan yang dipenjara mendekati Toomes dan mengatakan bahwa ia mendengar Toomes mengetahui identitas asli Spider-Man. Namun, Toomes menyangkalnya, melindungi identitas rahasia Peter.
