“Peter Pan’s Neverland Nightmare” menghadirkan sebuah cerita yang gelap dan mengerikan tentang sosok Peter Pan yang jauh berbeda dari kisah-kisah fantasi yang kita kenal. Alih-alih seorang anak laki-laki periang yang mengajak anak-anak ke dunia ajaib Neverland, Peter Pan dalam film ini adalah seorang penculik dan pembunuh sadis.
Lima belas tahun lalu, Peter Pan bekerja di sirkus bertema fantasi bernama “Neverland”, di mana ia tampil sebagai seorang pantomim. Setelah pertunjukan, Peter mencoba menculik James yang berusia tiga belas tahun. Ibu James, Roxanne, berusaha menghentikan Peter, namun malah terbunuh dalam perkelahian yang meninggalkan luka mengerikan di wajah Peter. Peter berhasil membawa kabur James.
Kisah berlanjut di masa kini, di mana Wendy Darling hidup bersama kedua adiknya, John dan Michael, serta ibu mereka, Mary, seorang hipnoterapis. Sebagai hadiah ulang tahun, Michael mendapat sepeda. Saat Wendy mengantarnya ke sekolah, ia berjanji akan menjemputnya. Namun, karena asyik mengobrol dengan pacarnya, Wendy tidak menyadari saat Michael pergi sendiri.
Michael bersepeda melalui hutan, dan Peter menculiknya. Keluarga Darling menerima telepon dari Peter, yang memberitahu mereka bahwa Michael telah dibawa ke Neverland. Keesokan harinya, Peter membantai satu bus penuh anak-anak dalam usahanya mencari Joey, sahabat Michael. Sementara itu, Wendy, Joey, dan Lily (adik Joey), mengunjungi Steven, seorang korban masa lalu yang anak transgender-nya bernama Timmy, diculik oleh Peter bertahun-tahun lalu.
Wendy menginap di rumah sahabatnya, Lily, tetapi Peter datang dan menculik Joey, membunuh Lily dan orang tuanya. Di sisi lain, Michael bertemu dengan Timmy, yang kini dikenal sebagai “Tinker Bell”. Timmy percaya semua kebohongan yang diceritakan Peter, yakin bahwa anak-anak yang dibunuh Peter sebenarnya pergi ke pulau Neverland karena pengaruh narkoba yang diberikan Peter padanya.
Setelah mengikuti Peter ke Neverland, tempat Michael disekap, Wendy menyusup masuk untuk menyelamatkannya. Peter menyadari kehadiran Wendy saat teleponnya berdering ketika ia menemukan Michael. Mereka terpisah saat Peter menyerang mereka. Wendy menemukan Joey masih hidup di dalam peti mati. Mereka menemukan jendela tempat Joey melarikan diri, sementara Wendy menemukan James, yang kini cacat parah dan dirantai di ruang bawah tanah dengan pengait sebagai pengganti tangannya.
Tinker Bell mengkhianati Peter setelah Wendy mengungkapkan bahwa Steven merindukannya. Peter membunuh Tinker Bell dengan brutal dan berkelahi dengan Wendy, menggigit dua jarinya. Michael muncul dan memukul wajah Peter. James keluar dari ruang bawah tanah, menusuk Peter yang terluka parah dengan pengaitnya sebagai balasan atas kematian ibunya, dan menyeretnya pergi.
Setahun kemudian, Michael merayakan ulang tahunnya bersama Wendy, John, dan Mary. Wendy menerima telepon dan mendengar musik yang sama seperti saat Peter menelepon mereka pertama kali, mengisyaratkan bahwa ia masih hidup.
