Night of the Zoopocalypse: Di kebun binatang sekaligus taman hiburan megah Colepepper Zoo, Gracie, seekor serigala muda, hidup bersama kawanannya dan Gramma Abigale yang paranoid. Abigale selalu mempersiapkan kawanannya untuk menghadapi “bencana” dan mewanti-wanti mereka untuk tidak pernah mempercayai hewan lain di kebun binatang, terutama saat seekor hewan baru dipindahkan ke kandang terdekat saat kebun binatang akan tutup.
Dari luar angkasa, sebuah meteorit menabrak satelit dan pecahannya jatuh ke kebun binatang, menembus sarang serigala, kandang hewan baru, dan berakhir di “Kuddle Korner”, kebun binatang mini tempat anak-anak bisa berinteraksi dengan hewan. Seekor kelinci yang penasaran memakan pecahan meteorit tersebut dan terinfeksi virus alien, yang kemudian berkembang di dalam pod berwarna ungu. Akibat kerusakan yang disebabkan oleh meteor, Gracie berhasil kabur dari kandangnya dan menyelidiki pod di dalam kandang, tetapi lengan kenyal berusaha menangkapnya. Gracie berhasil melarikan diri dan bertemu dengan Dan, seekor singa gunung buas dan hewan baru tersebut. Keduanya kemudian ditembak bius oleh penjaga kebun binatang yang menempatkan mereka di stasiun hewan, tanpa menyadari situasi sebenarnya.
Sementara itu, pod di kandang terbuka dan memperlihatkan kelinci yang telah berubah menjadi “Gum-beast”: zombie mutan kenyal yang mengerikan dan tidak bisa dihancurkan, bahkan saat tubuhnya terpotong-potong. Kelinci tersebut kemudian menginfeksi hewan lain dengan menggigit mereka, dan hampir semua hewan di kebun binatang terinfeksi, kecuali Gracie, Dan, dan empat hewan lainnya: Xavier, seekor lemur ekor merah yang selalu melukai diri sendiri dan berpura-pura sakit agar bisa dibawa ke kantor dokter hewan untuk menonton film larut malam, Felix, seekor bekantan yang sombong dan mandiri, Frida, seekor kapibara yang lincah, dan Ash, seekor burung unta yang sarkastik.
Setelah hampir diserang oleh gorila yang terinfeksi bernama Fred yang ditinggalkan oleh Felix untuk menyelamatkan diri, kelompok tersebut terpecah. Felix, Frida, Ash, dan Xavier melarikan diri melalui ruang belakang dan akhirnya sampai di toko oleh-oleh untuk membarikade diri, sementara Gracie membuat kesepakatan dengan Dan untuk memberinya kunci kebun binatang agar dia bisa melarikan diri kembali ke alam liar asalkan dia mengantarnya ke kawanannya. Setelah melarikan diri dari Gum-beast lainnya, termasuk kelinci yang pertama kali terinfeksi, yang dijuluki Bunny Zero, Gracie dan Dan menemukan satu-satunya hewan yang tersisa yang tidak terinfeksi: seekor kuda nil kerdil bernama Poot di kolam bola. Gracie berjanji akan mengajak Poot jika mereka lapar. Namun, setibanya di kandang serigala, Gracie ngeri melihat seluruh kawanannya telah berubah menjadi Gum-beast.
Gracie yang putus asa berdebat dengan Dan sebelum anggota kelompok lainnya secara tidak sengaja menyalakan atraksi dari toko oleh-oleh, dan keduanya diserang oleh gerombolan Gum-beast. Saat Gracie dan Dan memenggal kepala Fred yang terinfeksi di kereta gantung, Felix meninggalkan yang lain untuk mendapatkan kunci agar bisa melarikan diri, meninggalkan pintu terbuka dan secara tidak sengaja membiarkan seekor kanguru yang terinfeksi dan anaknya menyerang mereka. Gracie, Dan, dan Poot berhadapan muka dengan Fred, yang telah bergabung dengan seekor jerapah menjadi monster mengerikan yang memiliki kunci yang terpasang di kakinya. Selama perkelahian, Dan terinfeksi dan menyerang Gracie sebelum mereka jatuh ke kantor keamanan. Di sana, dalam kekacauan yang terjadi, Dan jatuh ke wastafel yang meluap dengan sabun dan air dan, yang mengejutkan Gracie, tampaknya sembuh oleh sabun. Ingin menyelamatkan kebun binatang, Gracie dan Dan kembali beradu argumen saat Dan pergi dengan kunci setelah disebut pengecut.
Di toko oleh-oleh, Gracie dan Poot mengumpulkan Ash, Frida, dan Xavier (yang semuanya selamat dari serangan kanguru) untuk menyembuhkan Gum-beast, sementara Felix mencuri kunci dari Dan, hanya untuk dikerumuni oleh katak pohon yang terinfeksi dan diselamatkan oleh Dan (meskipun, dia hanya melakukannya untuk mendapatkan kembali kunci). Felix mencoba membujuk Dan untuk ikut bersamanya ke alam liar, menyebabkan Dan berubah pikiran dan meninggalkan Felix dengan kunci untuk menyelamatkan teman-temannya; yang terakhir mencoba melarikan diri dan hampir berhasil, hanya untuk dikerumuni dan terinfeksi oleh katak pohon. Gracie dan yang lainnya berhasil memancing Bunny Zero dan Gum-beast ke kandang, menggunakan seekor gajah yang terinfeksi untuk menjatuhkan menara air dan dengan bantuan Dan, mengisi parit kandang untuk menyembuhkan mereka semua. Namun, terungkap bahwa semua Gum-beast malah bergabung menjadi monster besar yang menyatu, dengan Bunny Zero yang mengendalikan, dan menyerap serta menginfeksi yang lain.
Dengan hanya Dan dan Gracie yang tersisa, monster itu mencoba melarikan diri dari kebun binatang dan mendatangkan malapetaka di dunia sebelum Poot yang terinfeksi, setelah terjatuh, mengaktifkan bola salju di toko oleh-oleh yang hancur dan kembali normal. Gracie ingat radio menyala selama konfrontasi sebelumnya dan menyadari bahwa musik adalah obat untuk virus tersebut, bukan sabun dan air seperti yang dia pikirkan sebelumnya. Sebelum mereka dapat bertindak, Dan diserap oleh gabungan itu, meninggalkan Gracie untuk memaksa menara jam di tengah kebun binatang ke jam 7 dan memulai lagu sementara Poot mengalihkan perhatian monster itu. Gracie berhasil tepat sebelum dia diserang oleh Felix yang terinfeksi dan hewan-hewan yang dilepaskan bergabung dengan bernyanyi saat setiap hewan, termasuk Bunny Zero, kembali normal.
Dengan reuni yang terjadi dan persahabatan baru terjalin, Dan meninggalkan kebun binatang dan kembali ke alam liar, tetapi meninggalkan kunci untuk Gracie jika dia memutuskan untuk bergabung dengannya saat dia segera kembali ke kawanannya dan teman-teman barunya.
