Madu Murni menyajikan sebuah drama rumah tangga yang kompleks, menyoroti isu poligami dan dampaknya terhadap keharmonisan keluarga. Fokus cerita ada pada Arsal, seorang mantan penagih utang yang memutuskan untuk banting setir mencari pekerjaan halal demi memenuhi kebutuhan istrinya, Yasmine. Namun, usahanya tidak berjalan mulus. Pendapatan Arsal yang pas-pasan seringkali tidak cukup untuk memenuhi gaya hidup Yasmine, yang menimbulkan ketegangan dan rasa tidak puas dalam rumah tangga mereka.
Yasmine kerap mengeluh dan merasa Arsal tidak mampu membahagiakannya secara finansial maupun batiniah. Di tengah tekanan ekonomi dan ketidakharmonisan rumah tangga, Arsal mendapat saran dari seorang teman dekatnya untuk menikah lagi. Dengan dalih mencari kebahagiaan tambahan dan mungkin memperbaiki rezeki, Arsal diam-diam menikahi perempuan lain bernama Yumna, tanpa sepengetahuan Yasmine.
Arsal berusaha keras untuk berlaku adil dan menjaga kerahasiaan pernikahan keduanya. Ia menjalani kehidupan ganda, membagi waktu, perhatian, dan penghasilan yang terbatas antara dua istri dan dua rumah tangga. Namun, usahanya untuk menjaga keseimbangan ini justru menimbulkan lebih banyak masalah. Kebohongan demi kebohongan harus ia ciptakan, dan rahasia yang ia simpan rapat-rapat mulai tercium. Konflik memuncak ketika Yasmine akhirnya mengetahui tentang pernikahan kedua suaminya.
Madu Murni menggali lebih dalam tentang konsekuensi dari poligami yang dilakukan tanpa transparansi dan kesiapan, baik dari pihak suami maupun istri. Bagaimana Arsal menghadapi kemarahan Yasmine? Bagaimana nasib Yumna yang dinikahi secara diam-diam? Film ini mengeksplorasi tema kejujuran dalam perkawinan, tanggung jawab suami, tekanan ekonomi dalam keluarga, dan pencarian makna kebahagiaan yang sesungguhnya dalam bingkai rumah tangga yang rumit.
