Film Jung_E membawa kita ke bumi di tahun 2135 yang hancur lebur. Kenaikan permukaan laut akibat perubahan iklim memaksa manusia untuk mencari suaka di luar angkasa. Delapan puluh tempat perlindungan dibangun di antara Bumi dan orbit Bulan, menjadi rumah baru bagi populasi manusia yang mengungsi. Namun, perdamaian tak bertahan lama. Tiga tempat perlindungan, nomor 8, 12, dan 13, mendeklarasikan diri sebagai Republik Adrian dan memulai pemberontakan melawan Bumi dan perlindungan lainnya. Perang berkepanjangan pun pecah antara Pasukan Sekutu dan Republik Adrian. Di tengah konflik ini, manusia yang tertinggal di Bumi terus memproduksi amunisi, hidup dalam putaran mesin perang yang tak berkesudahan.
Di tengah kekacauan ini, muncullah Kapten Yun Jung-yi, seorang tentara bayaran legendaris Pasukan Sekutu. Ia dikenal karena keberanian dan kesuksesannya memimpin tim dalam berbagai misi berbahaya melawan Republik Adrian. Namun, di balik kegigihannya di medan perang, Jung-yi memiliki motivasi yang sangat personal: putrinya, Yun Seo-hyun, menderita tumor paru-paru. Jung-yi menjadi tentara bayaran demi membiayai pengobatan putrinya. Takdir berkata lain, tepat di hari operasi Seo-hyun, Jung-yi gagal dalam misinya dan koma.
Kronoid, sebuah lembaga penelitian teknologi AI, melihat peluang di balik tragedi ini. Mereka meyakinkan keluarga Jung-yi untuk mengizinkan kloning otak sang kapten, menjanjikan biaya pengobatan Jung-yi, pendidikan Seo-hyun, hingga biaya hidup mereka. Tiga puluh lima tahun berlalu, di tahun 2194, Kronoid berhasil mengkloning otak Jung-yi. Proyek ini melahirkan AI tentara bayaran bernama Jung_E. Dr. Yun Seo-hyun, putri Jung-yi, kini memimpin proyek penelitian Jung_E. Baginya, ini adalah cara untuk mengenang ibunya sebagai pahlawan, bukan sebagai prajurit yang gagal di misi terakhir.
Para peneliti Kronoid mentransfer data otak Jung-yi ke dalam tubuh android. Melalui simulasi misi terakhir Jung-yi yang berulang-ulang, mereka berusaha mengekstrak memori tempur untuk mengembangkan AI tempur yang superior. Ironisnya, seperti halnya Kapten Jung-yi yang gagal dalam misi terakhirnya, AI Jung_E juga selalu gagal dalam setiap simulasi. Di tengah penelitian yang stagnan, Seo-hyun menerima kabar buruk: kanker masa kecilnya kembali dan ia hanya memiliki waktu tiga bulan untuk hidup. Lebih mengejutkan lagi, ia mengetahui dari ketua Kronoid bahwa pengembangan AI tempur tidak lagi relevan karena Pasukan Sekutu dan Republik Adrian akan menandatangani perjanjian damai. Perusahaan kini beralih fokus ke pengembangan AI untuk layanan rumah tangga.
Seo-hyun menemukan sisi gelap lain dari proyek ini ketika melihat salah satu anggota timnya bersama robot Jung_E yang berpakaian minim di apartemennya. Anggota tim tersebut berdalih bahwa Kronoid menugaskannya untuk menyelidiki potensi penggunaan model Jung_E sebagai robot seks. Merasa muak dan marah, setelah simulasi terakhir proyek Jung_E, Seo-hyun memutuskan untuk melarikan diri dari fasilitas Kronoid bersama robot Jung_E. Kejadian ini memicu pengejaran sengit oleh robot tempur lain dan pasukan keamanan. Terungkap bahwa Direktur proyek, Kim Sang-Hoon, ternyata juga merupakan robot dengan otak AI. Kim menembak Seo-hyun saat mereka melarikan diri melalui kereta layang. Robot Jung_E melawan, menghancurkan Kim saat bagian kereta yang diinjaknya jatuh ke tanah. Dalam kondisi terluka parah, Seo-hyun mendorong Jung_E untuk menyelamatkan diri. Jung_E, secara mengejutkan menunjukkan kasih sayang pada Seo-hyun sebelum akhirnya melarikan diri dan menatap lanskap pegunungan, seolah menemukan kebebasan di tengah dunia yang hancur.
