Lima tahun setelah peristiwa menegangkan di film pertama, dunia para berkekuatan (Powers) kembali menjadi sorotan dalam Code 8 Part II. Kota Lincoln tampaknya telah belajar dari masa lalu, setidaknya di permukaan. Kepolisian LCPD mereformasi program teknologi militeristik mereka, sebagian besar robot humanoid Guardian yang mematikan kini digantikan oleh unit K9 non-mematikan yang mirip anjing, di bawah kepemimpinan Sersan Kingston. Proyek ini diklaim sukses besar, menjadikan jalanan lebih aman.
Di sisi lain, Connor, yang baru saja keluar dari penjara, mencoba memulai hidup baru. Ia bekerja sebagai petugas kebersihan di sebuah pusat komunitas pemuda yang dijalankan oleh Mina. Di sana, ia berusaha menjauhi masalah, berharap bisa meninggalkan masa lalunya yang kelam.
Sementara itu, Garrett telah mengendalikan Tower, sebuah kompleks apartemen kumuh, di mana ia menjalankan kerajaan obat-obatan “etis” miliknya. Ia membayar para Powers untuk cairan tulang belakang mereka, bahan baku untuk obat bernama Psyke. Di komunitas ini hidup Pavani “Pav” Gilani dan kakaknya, Tarak, dalam kemiskinan.
Kepenatan Tarak membawanya pada keputusan nekat: mencuri tas berisi uang tunai dari geng Garrett. Namun, Tarak tertangkap oleh Sersan King dan unit polisi korupnya, yang ternyata disuap. Untuk menutupi perbuatannya, King memerintahkan unit K9 untuk memburu Tarak, lalu membunuhnya dan menyuntiknya dengan Psyke agar terlihat seperti overdosis. Pav menyaksikan pembunuhan itu, dan menggunakan kemampuannya yang langka, ia berhasil membuat robot K9 itu malfungsi sebelum melarikan diri.
Pav mencari perlindungan di pusat komunitas, di mana Connor dan Mina membantunya bersembunyi dari LCPD. Connor berusaha mencari bantuan Garrett untuk menengahi kesepakatan damai, yang salah satunya mencakup penghapusan ingatan Pav tentang pembunuhan itu. Namun, ketika Connor menyadari bahwa penghapus ingatan itu akan menghapus setiap ingatan yang Pav miliki tentang Tarak, ia berjuang untuk membebaskan gadis itu.
Beralih ke Mina, mereka bertiga berencana melarikan diri dari kota, tetapi terkejut karena disergap oleh Garrett dan anak buahnya. Di tengah ketegangan antara Connor dan Garrett, Sersan King datang dan mengerahkan robot Guardian, memerintahkan mereka untuk membunuh semua orang di lokasi. Mina mengorbankan diri agar Connor, Pav, dan Garrett bisa melarikan diri.
Detektif Davis, yang melacak mereka, akhirnya memberi tahu satu-satunya cara untuk mengekspos kejahatan King: membobol rumahnya dan mencuri unit K9 pribadinya, yang menyimpan bukti pembunuhan Tarak dalam memorinya. Setelah berhasil mencuri K9 tersebut, Connor, Garrett, dan Pav melarikan diri ke Towers. Di sinilah Garrett memutarbalikkan keadaan, ingin menggunakan K9 itu sebagai alat tawar untuk menahan King dan anak buahnya.
King dan para petugas mengepung Towers dan menyergap mereka setelah Garrett gagal membuat kesepakatan baru. Rekan-rekan kerja Garrett mengulur waktu, memungkinkan Connor dan Pav melarikan diri. Satu unit K9 mengejar mereka, dan setelah serangan listrik Connor gagal, Pav akhirnya membuka kekuatan penuhnya dan berhasil membalikkan keadaan melawan para polisi. Di luar, mereka berada dalam pertarungan terakhir. Garrett menahan satu unit K9 dan King sendiri sampai Pav akhirnya berhasil menyiarkan rekaman dari K9 pribadi King, membawa keadilan atas kematian kakak Pav.
Tiga bulan kemudian, King ditangkap dan program K9 ditangguhkan untuk penyelidikan lebih lanjut. Garrett mendekam di penjara. Connor berhasil menghidupkan kembali pusat komunitas pemuda bersama Pav, sebagai bentuk penghormatan kepada Mina. Adegan penutup menunjukkan Garrett yang tampaknya berada di penjara, menyaksikan berita tentang investigasi korupsi pemerintah dan sumber baru Psyke yang tidak diketahui mengalir ke kota, menyiratkan bahwa perjuangan belum berakhir.
