Film “Chief of Station” membawa penonton ke dunia spionase internasional yang penuh intrik. Cerita berpusat pada Ben Malloy, seorang Kepala Stasiun CIA di Eropa Timur yang berbasis di Budapest bersama istrinya, Farrah. Kehidupan mereka yang tampak tenang berubah drastis pada perayaan ulang tahun pernikahan mereka, ketika kafe tempat pertama kali mereka bertemu diledakkan, menewaskan Farrah.
Awalnya Ben berduka atas kehilangan sang istri, namun ia segera mengetahui fakta mengejutkan: kematian Farrah bukanlah insiden acak. Menyadari ada sesuatu yang disembunyikan, Ben, yang telah kembali ke Washington, mengambil keputusan berani untuk kembali ke Budapest. Tujuannya adalah untuk mencari bukti baru yang bisa menjelaskan apa yang sebenarnya terjadi pada Farrah. Perjalanan ini juga sempat membawanya singgah di Kroasia, mengetahui putranya, Nick, seorang insinyur IT yang baru lulus, kini tinggal di sana setelah bertemu dengan seorang gadis. Mereka berencana bertemu di Paris di lain waktu, namun nasib Ben di Budapest akan mengubah rencana itu.
Di Budapest, Ben mencoba menggali informasi dengan menemui Evgeny, seorang perwira FSB Rusia. Evgeny mengungkapkan bahwa Farrah bukanlah agen biasa, melainkan seorang supervisor agen asing yang merahasiakan banyak hal dari Ben. Tepat ketika Evgeny hendak mengungkap lebih jauh, ia ditembak mati oleh Kharon, seorang pembunuh bayaran asal Chechnya, bersama sekelompok pria bersenjata. Ben nyaris bernasib sama, namun diselamatkan oleh Branca, mantan rekannya saat bertugas di Hungaria.
Ben dan Branca melarikan diri menggunakan kapal di sungai. Namun, penyelamatan itu hanyalah kedok. Ben segera menyadari Branca telah mengkhianatinya. Branca menyiksa Ben, memaksa untuk mengetahui apa yang diberikan Farrah kepadanya sebelum kematiannya. Beruntung, Krystyna, mantan agen Rusia yang pernah dibawahi Farrah, muncul dan menyelamatkan Ben. Mereka berhasil melarikan diri bersama.
Bersama Krystyna, Ben melacak tempat rahasia atau “cache” milik Farrah dan menemukan laptopnya. Di dalamnya, mereka menemukan informasi sensitif: Farrah memiliki bukti bahwa Branca dan Wakil Direktur CIA Williams telah menerima suap. Konspirasi korupsi ini ternyata berkelindan dengan kematian Farrah.
Situasi memburuk ketika Branca, menggunakan agen-agen CIA, menculik putra Ben, Nick, di Kroasia. Branca menjadikan Nick sebagai sandera untuk memancing Ben menyerahkan bukti yang ada di laptop Farrah. Ben, yang kini memiliki sekutu tak terduga dalam diri Krystyna dan bukti yang kuat, menyepakati pertukaran. Pertemuan yang disepakati di Hungaria menjadi medan pertempuran terakhir. Dalam konfrontasi penuh aksi, Ben dan Krystyna berhasil menyelamatkan Nick dan melumpuhkan Kharon, sang pembunuh. Dengan bukti di tangan, mereka akhirnya berhasil membongkar kejahatan Wakil Direktur Williams di sebuah pertemuan penting, membawa akhir pada konspirasi yang menyebabkan kematian Farrah dan mengancam nyawa putranya.
