Kepulangan Jaime Reyes ke kampung halamannya, Palmera City, setelah lulus dari kampus hukum di Gotham ternyata tidak sesuai bayangan. Ia mendapati keluarganya tengah menghadapi kesulitan finansial yang parah, bahkan terancam kehilangan rumah mereka. Dalam upaya mencari pekerjaan untuk membantu, Jaime bersama adiknya, Milagro, sempat bekerja di rumah mewah milik Victoria Kord, CEO Kord Industries yang dingin. Namun, insiden kecil yang melibatkan Jaime membela keponakan Victoria, Jenny Kord, membuat mereka berdua dipecat. Jenny, merasa bersalah dan melihat potensi pada Jaime, menjanjikan sebuah “kesempatan kerja” dan memintanya menemuinya di Kord Tower keesokan harinya.
Pertemuan itu menjadi awal dari perubahan besar dalam hidup Jaime. Jenny, yang diam-diam menentang proyek militer Victoria yang mengerikan bernama OMAC, berhasil mencuri sebuah artefak kuno berkekuatan luar biasa yang baru ditemukan oleh Victoria di Antartika: Scarab. Untuk menghindari penjagaan ketat, Jenny menyembunyikan Scarab itu dalam kotak bekas makanan dan memberikannya pada Jaime, memintanya menjaga benda tersebut.
Di rumah, didorong oleh rasa penasaran keluarganya, Jaime membuka kotak itu. Saat tangannya menyentuh Scarab, artefak alien itu tiba-tiba aktif dan menyatu dengan tubuh Jaime, membentuk zirah eksoskeleton berwarna biru yang canggih. Pengalaman pertama Jaime dengan zirah itu sangat kacau, ia terlempar ke angkasa dan melayang tak terkendali di atas kota. Bingung dan ketakutan, Jaime mencari Jenny untuk mendapatkan penjelasan. Jenny mengungkapkan bahwa Scarab adalah senjata hidup yang memiliki kesadaran, bernama Khaji-Da, dan Scarab itu telah memilih Jaime sebagai inangnya.
Perjalanan Jaime untuk memahami kekuatan barunya dan Scarab membawanya masuk ke dunia rahasia Ted Kord, ayah Jenny yang menghilang secara misterius bertahun-tahun lalu. Ted ternyata adalah Blue Beetle sebelumnya, seorang pahlawan yang menghabiskan hidupnya mempelajari Scarab. Dengan bantuan paman Jaime yang nyentrik namun cerdas, Rudy, serta peralatan canggih peninggalan Ted, Jaime mulai belajar mengendalikan zirah Khaji-Da sembari menghindari kejaran Victoria dan pengawal setianya, Ignacio Carapax, yang tubuhnya juga telah dimodifikasi dengan prototype OMAC.
Konflik memuncak ketika Victoria menyerang rumah keluarga Reyes untuk memaksa Jaime menyerahkan Scarab. Di tengah kekacauan, ayah Jaime, Alberto, meninggal akibat serangan jantung. Kehilangan ini membuat Jaime lengah dan ia berhasil ditangkap oleh Carapax, yang membawanya ke markas Victoria di sebuah pulau terpencil. Di sana, Victoria berencana mengekstraksi informasi dari Scarab untuk menyempurnakan pasukannya. Namun, dalam keadaan tidak sadar, Jaime mendapatkan penglihatan dari mendiang ayahnya yang menguatkannya untuk menerima takdirnya sebagai Blue Beetle.
Didorong oleh tekad baru, Jaime berhasil meloloskan diri tepat saat keluarganya, Jenny, dan Rudy datang menyerbu menggunakan pesawat tempur Ted Kord. Jaime berhadapan kembali dengan Carapax dalam pertarungan sengit. Saat Jaime hampir mengalahkan Carapax, Khaji-Da menunjukkan ingatan Carapax yang tragis, mengungkap masa lalu kelamnya di tangan Victoria. Melihat penderitaan Carapax yang sebenarnya adalah korban, Jaime memilih untuk tidak membunuhnya. Pencerahan ini justru membuat Carapax membalaskan dendamnya sendiri terhadap Victoria dengan mengorbankan diri dan menghancurkan markas Victoria.
Keluarga Reyes berhasil melarikan diri dari pulau itu, berduka atas kepergian Alberto namun bersatu lebih kuat. Di akhir cerita, Jenny mengambil alih Kord Industries dan berjanji membantu keluarga Reyes membangun kembali kehidupan mereka. Dengan dukungan komunitas yang hangat, Jaime Reyes kini siap merangkul perannya sebagai pahlawan baru, Blue Beetle, sambil menjalin hubungan baru dengan Jenny. Namun, sebuah pesan misterius di akhir film mengindikasikan bahwa kisah Ted Kord mungkin belum sepenuhnya berakhir.
