Dua tahun setelah mengalahkan Thaddeus Sivana, Billy Batson dan keluarga angkatnya yang memiliki kekuatan super, atau yang dikenal sebagai “Shazamily,” menghadapi tantangan baru yang lebih besar dalam Shazam! Fury of the Gods. Film ini membawa kita kembali ke dunia pahlawan super kocak ini, namun kali ini dengan ancaman yang berasal dari mitologi Yunani kuno.
Kisah dimulai ketika Hespera dan Kalypso, dua putri Titan Atlas yang perkasa, muncul. Mereka tidak datang untuk beramah tamah, melainkan untuk mengambil kembali kekuatan yang menurut mereka telah dicuri dari para dewa. Kedua saudari ini menerobos masuk ke Museum Acropolis di Athena dan mencuri tongkat sihir yang rusak milik Wizard Shazam. Dengan memaksa sang Wizard yang terpenjara di Alam Dewa, mereka memperbaiki tongkat tersebut untuk mengaktifkan kembali kekuatannya yang dahsyat.
Sementara itu di Philadelphia, Shazamily sedang mengalami pergeseran dinamika. Seiring bertambahnya usia, masing-masing anggota keluarga mulai memiliki minat dan kesibukan sendiri, membuat Billy merasa khawatir bahwa mereka akan terpecah. Kecemasan Billy semakin bertambah karena ia takut akan dikeluarkan dari keluarga Vasquez saat usianya menginjak delapan belas tahun. Dalam kegelisahannya, Billy mendapatkan mimpi yang memperingatkannya tentang Daughters of Atlas. Peringatan ini mendorong Shazamily untuk melakukan riset dan menggali informasi tentang para putri Titan tersebut.
Pencarian membawa mereka ke Rock of Eternity, tempat mereka bertemu dengan Steve, sebuah pena sentient yang membantu mereka mengungkap lebih dalam tentang Daughters of Atlas. Mereka menyadari bahwa Anthea, putri bungsu Atlas, adalah Anne, gadis yang akan ditemui Freddy Freeman. Konfrontasi pun tak terhindarkan.
Freddy yang sedang berusaha mendekati Anne dengan identitas superhero-nya tiba-tiba diserang oleh Hespera dan Kalypso. Mereka merebut tongkat sihir dan mencuri kekuatan Freddy. Shazamily berusaha menyelamatkan Freddy, namun para putri Atlas justru menculik Freddy dan mengurung kota Philadelphia dalam kubah pelindung yang tak tertembus. Freddy kini terperangkap bersama Wizard di Alam Dewa.
Shazamily, dibantu oleh Steve, menyusun surat negosiasi untuk membebaskan Freddy. Billy mencoba bertemu Hespera di sebuah restoran lokal. Awalnya pertemuan berjalan cukup baik, namun suasana berubah menjadi pertempuran sengit antara Shazamily dan Daughters of Atlas. Dalam pertempuran tersebut, Pedro kehilangan kekuatannya, sementara Hespera berhasil ditangkap dan dibawa ke Rock of Eternity. Namun, penangkapan Hespera ternyata adalah bagian dari rencana. Ia dengan mudah melarikan diri dan mencuri Golden Apple, benih dari Pohon Kehidupan.
Di Alam Dewa, Freddy dan Wizard berusaha melarikan diri dengan bantuan Anthea yang mulai bersimpati. Saat mereka hampir berhasil, Hespera kembali dengan Golden Apple. Terjadi perdebatan sengit antara ketiga putri Atlas. Hespera dan Anthea ingin menggunakan Apple untuk menghidupkan kembali alam mereka, sementara Kalypso berniat menanamnya di Bumi untuk menghancurkannya. Freddy berhasil mencuri Apple, namun aksinya diketahui. Billy dan Shazamily tiba tepat waktu, dan Freddy mendapatkan kembali kekuatannya.
Shazamily kembali ke rumah Vasquez bersama Wizard dan mengungkapkan identitas rahasia mereka kepada orang tua angkat mereka. Namun, ketenangan ini tidak berlangsung lama. Kalypso muncul dengan naga Ladon untuk merebut Apple dan menghancurkan rumah Vasquez. Dalam pertempuran singkat, Shazamily berusaha melindungi Apple, namun semua kecuali Billy kehilangan kekuatan mereka. Kalypso berhasil mendapatkan Apple dan menanam Pohon Kehidupan di Citizens Bank Park, yang memunculkan berbagai monster untuk menyerang kota.
Hespera dan Anthea tidak setuju dengan rencana destruktif Kalypso. Kalypso yang marah melukai Hespera secara fatal dan melucuti kekuatan Anthea. Billy, dalam keputusasaan, meminta Wizard untuk mencabut kekuatannya, namun Wizard meyakinkannya bahwa Billy adalah pahlawan sejati yang layak memiliki kekuatan tersebut.
Dengan semangat baru, Billy terbang untuk menghentikan Kalypso. Shazamily yang lain membantu melawan monster dengan bantuan unicorn. Billy berhasil meyakinkan Hespera yang sekarat untuk membantunya menghentikan Kalypso. Menyadari bahwa kubah bereaksi keras terhadap petirnya, Billy memancing Kalypso ke taman sementara Hespera memperkecil kubah untuk mengurung mereka berdua. Billy mengorbankan dirinya untuk menghentikan Kalypso dan Ladon dengan membebani tongkat sihir dengan listrik, menghancurkan Pohon Kehidupan dan pasukan monster Kalypso. Hespera mengakui Billy sebagai dewa sejati sebelum menghembuskan napas terakhirnya, menyebabkan kubah menghilang.
Anthea membawa keluarga Billy yang berduka ke Alam Dewa untuk pemakamannya. Diana Prince (Wonder Woman) muncul dan memperbaiki tongkat sihir, mengisinya dengan kekuatannya dan menggunakannya untuk menghidupkan kembali Alam Dewa, memulihkan kekuatan Anthea, dan membangkitkan Billy dari kematian. Billy menggunakan tongkat tersebut untuk mengembalikan kekuatan saudara-saudaranya. Shazamily membangun kembali rumah mereka. Anthea dan Freddy memulai hubungan romantis, dan Wizard memutuskan untuk tinggal di Bumi.
Dalam adegan mid-credit, Emilia Harcourt dan John Economos mengundang Billy untuk bergabung dengan Justice Society atas nama Amanda Waller, namun Billy menolak. Dalam adegan post-credit, Sivana yang masih dipenjara bertemu kembali dengan Mister Mind, yang membuatnya marah karena belum memulai rencana mereka.
